對于新生兒生后胎糞排出延遲,24小時以后才排胎便者或者不排胎便,伴有腹脹和嘔吐應該考慮本病。對于嬰幼兒有長期便秘史和腹脹等體征者,即應進行特殊檢查。最常用的檢查方法包括立位腹平片和大腸灌腸造影,典型的先天性巨結腸也常通過大腸造影機可以進行診斷,進一步的檢查方法還包括直腸肌層活檢。
先天性巨結腸要注意與功能性便秘相鑒別,功能性便秘是一種原因不明的慢性便秘。分為慢傳輸型,出口梗阻性以及混合型,排便次數少,太費力甚至較硬或成球狀,排便不盡感,有時需要借助人工方式來協助排便,診斷需要鋇劑灌腸或者腸鏡檢查排除器質性疾病。