關于附睪炎的治療大致可分為內科藥物治療和外科手術治療,對待不同的患者面對不同的情況,治療手段可單一,可中和。在其選擇上要注意,因人而異,藥物治療主要是按照細菌培養的結果以及抗菌藥物敏感實驗來選擇對細菌感染敏感的抗生素,常規選擇鏡外途徑給藥,一般治療一到兩周后,改為口服藥兩到四周以防止轉為慢性。
手術治療絕大多數附睪炎患者在藥物治療后癥狀會自行消失,但有一小部分可能會出現膿腫需要手術切開引流。如果發展成慢性附睪炎,伴有局部疼痛劇烈,反復發作影響生活和工作,可考慮附睪切除術。另外,對同時存在的前列腺炎、精囊炎、尿道炎,必須進行治療。