體格檢查可以發現嚴重或者反復感染,可導致體重下降,發育之后營養不良。輕中度貧血和肝脾腫大,壁細胞缺陷者的周圍淋巴組織,如果扁桃體和淋巴結變小或者缺如,x連鎖組織增生癥,可出現全身淋巴結腫大,可以存在皮膚癤腫、口腔炎、牙周炎和鵝口瘡等感染證據。
某些特殊綜合征都有相應的體征,無胸腺發育不全。實驗室檢查表現,不明原因的感染和陽性家族史,提示原發性免疫缺陷病可能性,確診該病必須有相應的實驗室檢查。
確診免疫缺陷的性質,不可能測定全部免疫功能,一些實驗技術,僅在研究中心才能進行,為此在做該病的實驗室檢查時可以分為三個層次進行,包括出生實驗進一步檢查,特殊和研究性實驗,其中出生實驗在疾病的初期篩查過程中尤其重要。