一般來說腎結核的預后主要分為以下五個方面,臨床上腎結核是進行性病變,在沒有應用抗結核藥物或者是沒有進行腎切術的患者中,五年生存率不足30%,能夠生存十年的患者不足10%,而經過及時腎切除治療的病人約有一半左右的患者可以達到臨床治愈,隨著抗結核藥物療效的提高,在應用抗結核藥物治療后,腎結核死亡率目前已十分低。
如果在早期發現并且能夠進行及時和充分的治療,大多數腎結核患者可以達到治愈的水平,如果有嚴重膀胱結核或者是雙腎結核則提示預后不良,腎結核合并活動性肺結核,骨關節結核,腹膜結核或者是腸結核的患者預后也較差。