臨床上比較常見的病毒性腦膜炎,一般不會出現明顯的后遺癥情況,少數會有間斷性的頭痛。而化膿性腦膜炎、以及結核性腦膜炎,隱球菌性腦膜炎是較容易出現一些后遺癥情況,它們的后遺癥情況主要和它們出現腦實質損害的癥狀有關,包括像一些精神方面的癥狀,有些人會出現譫妄以及妄想激越的狀態,而有些會出現比較明顯的意識模糊,淡漠,精神萎靡。
有比較多的腦膜炎患者會出現遺留的,部分性或者是全面性的癲癇發作,這樣需要長期服一些藥物來控制。早期的一些意識障礙,包括像嗜睡以及昏迷情況,在之后的治療之后,預后會較好一些。有一些非常嚴重的出現腦水腫以及顱內壓增高,腦疝形成的情況可能會造成一些肢體癱瘓的問題,包括像偏癱、四肢癱或者是截癱,慢性的偏癱癥狀類似于中樞神經系統的腫瘤,這多數由結核瘤或者蛛網膜炎所引起來的。