一般來說不同類型尿路感染的患者其預后也是不同的,急性非復雜性尿路感染患者如果進行了及時正規的抗生素治療后,約有90%的患者是可以治愈的,10%可以轉為持續性細菌尿或者是反復再發尿路感染。復雜性尿路感染臨床治愈率比較低,很容易復發,除非祛除了一些易感因素,否則是很難治愈的。而部分急性發作尿路感染患者經過治療后仍然可以存在無癥狀性細菌尿,約占10%左右,無癥狀性細菌尿患者在漫長的病程中可以反復發生急性尿路感染發作。
對于嚴重的急性腎盂腎炎患者多見于復雜性尿路感染,尤其是伴有尿路梗阻的患者,部分患者可伴發急性腎乳頭壞死,甚至會發生急性腎功能衰竭、敗血癥等,病灶感染穿破腎包膜可以引發腎周膿腫或者是腎盂積膿。而慢性腎盂腎炎遷延不愈的患者可以逐漸進展為終末及腎功能衰竭。