腦炎的患者的診斷一般來說是需要結合患者的病史、相應的體格檢查和輔助檢查才可以確診。一般來說如果患者出現了發熱、頭痛、癲癇發作、肢體的活動障礙、肢體的一些癲癇,尤其是局灶性的癲癇發作以及出現反應遲鈍、認知行為異常、共濟失調等癥狀,患者在發病以前可能有感冒、受涼的病史,輔助檢查磁共振發現病灶,腰椎穿刺腦脊液的檢查也可以發現相應的抗體陽性,以及生化的異常,一般來說患者診斷腦炎是不困難的。
診斷腦炎的患者需要與癲癇的發作,尤其是局灶性的癲癇發作以及自身免疫性的疾病,導致的中樞神經系統的病變或者是一些血管性的疾病導致肢體的活動障礙等疾病進行鑒別診斷。