主要的手術風險有可能出現心內的傳導阻滯以及心臟壓塞,同時也可以產生肺靜脈環狹窄,同時還有一定血栓栓塞的發生率,這主要是由于手術操作不當,消融面積過大而影響了心臟的傳導系統,從而產生了新的心律失常,一般以傳導阻滯為主要表現。同時如果在手術中操作不當,很容易出現心臟穿孔,而引起心臟壓塞,同時消融點的選擇錯誤會對肺靜脈環造成不良的影響,在消融后有可能出現肺靜脈環狹窄而引起相應臨床癥狀的表現。
同時冷凍消融也會損傷心臟內膜,尤其對心臟內膜損傷后容易出現附壁血栓,如果血栓脫落很容易進入顱腦循環而導致新的腦卒中情況發生。