基本的原則是對不同的個體的感染性心內膜炎患者的治療,常會出現不同的獨特爭議。這一點在治療中必須給予注意,因此同一有機體所引起的心內膜炎可以用不同的方法治療。建立最初診斷以后,必須要有著手研究瓣膜感染的來源,研究的深度和性質以引起感染的有機體而定。
例如牙齒的疾病常與草綠色鏈球菌感染心內膜炎有關,若皮膚感染、深度的膿腫或感染的血管內穿刺管,可能有鏈球菌導致的心內膜炎。如果發現了心內膜炎的根源,在心臟瓣膜修復或置換之前就應該能治療或消除它。感染性心內膜炎診斷以后,應盡早評估患者的家庭環境及進行加強靜脈治療前的可行性。對大多數患者自身瓣膜心內膜炎,至少應住院治療五到七天之后,進行幾周的靜脈抗生素治療。