輪狀病毒性腸炎在臨床上的表現多種多樣,從無癥狀的隱性感染輕微發病到嚴重時發生致命性胃腸炎,脫水及電解質平衡失調,嬰幼兒輪狀病毒腹瀉潛伏期為一到三天,急性起病發病初期伴有低熱嘔吐,繼而腹瀉,腹瀉每日十余次至數十次,呈水樣便或黃色水樣便,無膿血或黏液,有惡臭,排便急量多,幼兒可有腹痛,大多數患兒發熱在37到39攝氏度之間,30%-50%有呼吸道癥狀,患兒食欲減退,進食少,很容易發生等滲性脫水和代謝性酸中毒。
本病多為自限性,病程多短于一周,個別的病程可連續至三十日,大多數為輕癥,少數可導致重癥,多死于嚴重脫水及電解質紊亂。