細菌性陰道炎并非單一的致病菌所引起,而是由多種致病菌共同作用的結果,陰道內往往常駐的菌群有乳酸桿菌,表皮葡萄球菌,大腸埃希菌,加特納球桿菌,棒狀桿菌,B族鏈球菌,內鏈球菌,支原體,白色念珠菌等,厭氧菌與需氧菌的比例一般為五比一,其中乳桿菌是陰道正常菌群內最重要的數量最多的常駐菌,能分解陰道黏膜上皮內的糖原,產生乳酸。
而使陰道保持酸性環境,有利于陰道的自凈作用。
目前認為陰道內的常駐菌群是處于一個動態的平衡過程,不同微生物之間的相互依存、相互拮抗的共生關系對維持陰道的自凈有直觀的作用,一旦某種原因破壞陰道的微生態環境,使優勢菌乳桿菌減少,而加特納菌、厭氧菌大量繁殖,黏附于陰道上皮細胞,使上皮細胞脫落,陰道分泌物增多,可以導致細菌性陰道病,除此之外細菌性陰道病的患者陰道分泌物中還可以檢出動彎桿菌屬、梭桿菌屬和人型支原體等,故細菌性陰道病又稱多種微生物癥候群。