控制感染,水樣便腹瀉的患者多為病毒以及非侵襲性細菌感染所致,一般不用抗生素。如伴有明顯的中毒癥狀,不能用脫水解釋的患者,尤其是對于重癥患兒,新生兒,比較小的嬰兒和衰弱的嬰兒應選用抗生素治療。黏液膿血便患者多為侵襲性細菌感染,根據臨床特點,針對病原經驗性選用抗菌藥物,再根據大便細菌培養和藥物敏感實驗進行調整。
腸道微生態有助于恢復腸道正常菌群的生態平衡,抑制病原菌定植和侵襲,控制腹瀉,常用的有雙歧桿菌,嗜酸乳桿菌,肺鏈球菌等。
腸黏膜保護劑能吸附病原體和病毒,維持腸細胞的吸收和分泌功能,與腸黏膜糖蛋白相互作用,可增強屏蔽功能,阻止病原微生物的攻擊。