念珠菌病的診斷可以通過真菌檢查、病理診斷和眼底檢查這幾個方面來進行。因為念珠菌是常駐菌,從皮膚、黏膜、痰和糞便等標本中查到孢子不能肯定其為致病菌,只有在鏡下見到出芽的酵母菌與假菌絲,結合相關臨床表現才能確定念珠菌病的診斷。
病灶組織等標本,顯微鏡檢查可見厚膜孢子以及假軍菌絲,多次顯微鏡檢查陽性有診斷意義。標本真菌培養一周內出現乳白色光滑菌落,并且落數大于50%,有診斷意義。
在病理組織中,發現真菌和相應的病理改變即可確診。眼底檢查是念珠菌菌血癥患者,在視網膜和脈絡膜上可見白色、云霧狀或者棉球樣的病灶。