首先是會進行病原體檢查,通過墨汁染色法或者真菌培養的方法,墨汁染色法是一種迅速,簡便并且可靠的方法,他可以根據受損部位不同,取所需的檢查新鮮標本,比如腦脊液,痰液,病灶組織或者腎液等。放在玻片上,加墨汁,然后蓋一蓋玻片,在顯微鏡下尋找隱球菌,可以見到圓形的菌體,外周有一圈透明的肥厚莢膜,內有反光孢子,但是沒有菌絲,反復多次查找陽性率高。
腦脊液也應該在臨析以后再進行取沉淀涂片,真菌培養,可以通過去標本少許,置于沙市培養基中,在室溫或者37度培養三到四天,可見菌落長出,血清學檢查,由于病人的血清中,可測到的抗體不多,因此檢測抗體陽性率不高,特異性不強,僅作輔導檢查,通常檢測新型隱球菌莢膜多糖體抗原,以乳膠凝集實驗靈敏而特意。