一般認為紅綠色盲決定于x染色體上的兩對基因,即紅色盲基因和綠色盲基因。
由于這兩對基因在x染色體上是緊密連鎖的,因而常用一個基因符號來進行表示,紅綠色盲的遺傳方式是x連鎖隱性遺傳,由于男性僅有一條x染色體,因此只需要一個色盲基因就能表現出色盲;而女性有兩條x染色體,因此需要有一對致病的等位基因才會表現出異常的。
一般來說,一個正常女性如果與一個色盲男性結婚的話,那么父親的色盲基因可以隨著x染色體遺傳給他的女兒,但是并不會遺傳給兒子的,然后女兒可以再把父親傳來的色盲基因遺傳給他的兒子,也就是這位父親的孫子,這種情況被稱為交叉遺傳。