原發性甲減也叫做甲狀腺性甲減,是甲減最常見的原因,主要的病因有甲狀腺手術切除放射性碘和放射線治療之后,慢性淋巴細胞性甲腺炎或是侵襲性纖維性甲狀腺炎后期,Graves病晚期抗甲狀腺藥物過量,這些都可以導致甲狀腺性的甲減。
原發性甲減的病因未明的可能和自身免疫有關,而且還有很多都是多發性內分泌腺功能減退綜合征的表現之一,或者和結節病自身免疫性腎上腺皮質功能減退癥,單一性垂體激素缺乏癥等等都是并存的。
垂體性甲減叫做繼發性甲減比較少見一些,主要是由于垂體功能的減退,病因有腫瘤手術,放療和產后垂體壞死等等,腺垂體被廣泛的破壞或者是tsh基因突變或者是paitw基因突變,這些都可以表現為垂體多種激素同時缺乏。