治療結腸炎常用的方法大都是以非特異性抗炎治療為主,對于輕型的潰瘍性的結腸炎,初期主要是一些美沙拉唑進行治療為主,包括頗得斯安、莎爾福、艾迪莎等,輔以調節腸道菌群的藥物。對于重性活動性患者主要采用糖皮質激素加美沙拉唑聯合應用,緩解病情的發展。
對于病情較為局限的患者,常保留一些灌腸的局部用藥的方式,以增強并找出藥物的濃度而保護結腸炎。也可以通過一些柳氮磺胺吡啶,5-氨基水楊酸一類的藥物。臨床上用的最多的就是柳氮磺胺吡啶。中度和重度的潰瘍性結腸炎需要加激素,比如醋酸潑尼松。重度的潰瘍性結腸炎得以加一些免疫抑制劑藥物進行綜合的治療。