睡眠相關性頭痛的鑒別診斷,必須包括焦慮,緊張,抑郁相關的新型頭痛,尤其是與緊張性頭痛相鑒別,緊張性頭痛,臨床十分常見,常常呈現一個雙側分布或者是中線分布,表現為一個緊壓樣的頭痛,幾乎是一個持續性的,往往還會伴有焦慮和抑郁。
因為顱內壓升高,比方動靜脈畸形,腫瘤,血腫等所導致的頭痛,心血管疾病所導致的頭痛,骨骼神經患腦膜炎所導致的頭痛,外傷所致的頭痛癥,這些疾病都有它各自的臨床特點,它與睡眠相關性頭痛進行鑒別并不是很困難。
還有除外一些阻塞性睡眠呼吸暫停綜合征,常常表現為晨間頭痛,通過睡眠,呼吸,監測很容易將兩者之間進行鑒別開來。