睡眠相關(guān)性頭痛和快速眼動(dòng)像睡眠相關(guān)，并且認(rèn)為，這不僅僅是一種睡眠時(shí)候發(fā)生的頭痛，而是一種睡眠障礙，下丘腦起著睡眠啟動(dòng)和維持的作用，藍(lán)斑核、背縫核，起著啟動(dòng)和維持快速眼動(dòng)像睡眠的作用。
頭痛可能和以上的部位在快速眼動(dòng)像睡眠期功能障礙有關(guān)系，褪黑素水平的變化，也可能會(huì)導(dǎo)致夜間性的頭痛，偏頭痛可有睡眠，應(yīng)激，應(yīng)激后放松，外傷，天氣變化，食物飲食的習(xí)慣都可能會(huì)觸發(fā)，少量的飲酒，也可能會(huì)觸發(fā)多數(shù)的沖擊性的頭痛患者的頭痛發(fā)作。
睡眠期間，可以出現(xiàn)睡眠呼吸暫停和低氧血癥，可能是會(huì)觸發(fā)叢集性頭痛的一個(gè)主要原因，偏頭痛的一個(gè)局灶性的神經(jīng)系統(tǒng)癥狀，就是大腦皮質(zhì)缺血所導(dǎo)致的，這種類型的缺血是由小動(dòng)脈和毛細(xì)血管收縮，導(dǎo)致皮質(zhì)血流分流，血小板聚集，或者同時(shí)存在以上的兩種情況。
遺傳所致的單胺代謝紊亂，使患者容易出現(xiàn)頭痛，叢集性頭痛，常常有自主神經(jīng)系統(tǒng)受累，雖然叢集性頭痛和慢性陣發(fā)性偏頭痛，伴隨的自主神經(jīng)系統(tǒng)的癥狀比較類似，但并不完全相同，叢集性頭痛可同時(shí)出現(xiàn)以年為周期的節(jié)律性發(fā)作，或者呈現(xiàn)晝夜節(jié)律發(fā)作的特點(diǎn)。
