一般結膜炎患者選用廣譜抗生素進行治療,同時還可以選擇兼顧革蘭陽性菌和陰性桿菌兩種抗菌藥物聯合用藥,并且需要注意的是在早期治療時每天應該頻繁的滴眼,一般需要每十五分鐘一次,連續2小時,然后就可以改為每1小時一次,連續24到48小時,隨后酌情減量,每日四到六次。
在臨床當中認為喹諾酮類藥物用于治療絕大多數革蘭陰性桿菌和革蘭陽性桿菌都非常有效,一般治療常用藥物包括0.3%的氧氟沙星、0.3%的環丙沙星、0.3%的左氧氟沙星滴眼液,而如果使用氨基糖苷類藥物,在臨床當中常用的有0.3%的妥布霉素滴眼液,而桿菌肽這類藥物主要用于革蘭陽性桿菌及耐藥金黃色葡萄球菌引起的結膜炎。