肺炎支原體所致的感染很多是無癥狀的,如果有癥狀常常癥狀明顯,但體格檢查卻輕微異常。常見的癥狀包括咳嗽,發熱,頭痛,咽喉疼痛的,其中超過75%的患者會有頑固性干咳,只有3%到10%的患者發展為肺炎,大多數肺炎支原體引起的肺炎是輕度,自限性的,但也有爆發臂力。
除此之外、肺炎支原體感染,還可能引起呼吸道之外的異常,包括溶血,皮膚斑丘疹或水泡疹,中樞神經系統受累時可能出現腦炎,心臟受累時可能出現心律失常或充血性心率衰竭,多關節疼痛和肌肉,腎小球腎炎等消化系統癥狀時,可能會出現肝炎或胰腺炎等。但呼吸系統之外受累的發生概率不超過5%到10%,神經系統受累不超過0.1%的。