目前非器質性遺糞癥患兒的生理學機制還不是很明確,研究主要是針對便秘和溢出性失禁的生理學基礎。非器質性遺糞癥患兒存在直腸肛門功能的紊亂,比方說有研究75%的非器質性遺糞癥的患兒,在排便過程中都會出現肛門痙攣,也就是排練過程中肛門外括約肌不能放松,影響了正常的排便。
也有研究說明就是便秘在這個非器質性遺糞癥的兒童中是非常常見的,便秘肛門括約肌痙攣,肛門直腸感覺運動機能異常和非器質性遺糞癥關系是非常密切的。
便秘會引起這個糞便滯留或者是卡在里面,導致糞塊上方的液體樣的糞便的積蓄產生較大的壓力,是液體樣糞便從嵌澀的這種糞便周圍遺漏流出。因為糞便流出,孩子試圖通過收縮肛門來控制不自主地排便。
這一個行為又會進一步加重糞便的滯留,與此同時由于糞便滯留直腸擴張,兒童肛門直腸的感覺運動機能按逐漸出現異常,使孩子無法產生排便的意識,并可能喪失糞便通過肛門的這種知覺。