一般是由中樞器質性病變引起,未能發現與發現病變者稱為特發性中樞性性早熟。而女孩兒特發性的比較多見,男孩中樞性性早熟的病因一半以上是由中樞性器官病變引起。由于惡性疾病治愈率的提高和生存期的延長,接受過頭顱放射治療,無中樞結構損害但也可以發生中樞性性早熟。
引起中樞性早熟的中樞腫瘤多位于下丘腦后部、松果體、縱軸隆突和第三腦室底部的腫瘤。其中異構瘤是較常見的中樞病變,此病發生發育異常,而非真正的腫瘤。中樞性性早熟的原因是有異位的組織過度增生形成,或者是瘤體產生轉化生長因子時則發生了中樞性性早熟。蛛網膜囊腫也屬于先天發育異常,當其繼發感染或者有壓迫時才會引起中樞性性早熟,需要手術治療。除腫瘤之外,中樞性早熟的病因可致顱內壓增高,也可導致早熟。