兒童腦炎在癥狀表現上有全身毒血癥狀,表現為發熱、頭痛、惡心、嘔吐、乏力,少數有出血疹以及心肌炎的表現。再就是神經系統癥狀,出現意識障礙、腦膜刺激征,可以出現頸肌、肩胛肌遲緩性的癱瘓,以致頭下垂、手臂不能夠上舉,一般在癱瘓兩到三周能夠恢復,約半數有肌肉萎縮,輕的可能沒有明顯的神經癥狀。
由于病變的部位以及病變的程度不一樣,表現也多種多樣。彌漫性腦炎,常先有全身不適,很快出現昏迷、驚厥,同時伴有發熱。腦干型腦炎常有面神經癱瘓、飲水嗆咳、吞咽困難、肢體麻木、無力以及動眼神經麻痹、假性球麻痹的表現。對于假腫瘤型腦炎常伴有頭痛、嘔吐、肢體活動差、癱瘓、失語、精神癥狀、顱內壓增高這樣的表現,另外有可能會同時伴有其它的表現,比如皮膚皰疹。