細菌性痢疾的病原體是志賀菌,又稱痢疾桿菌,屬于腸桿菌科志賀菌屬,為兼性厭氧的革蘭陰性桿菌,有菌毛,沒有鞭毛,也沒有莢膜以及芽孢。適宜生長于需氧的環境。按抗原結構和生化反應的不同,將志賀菌分為4群:痢疾志賀菌、福氏志賀菌、鮑氏志賀菌、宋氏志賀菌。目前我國以福氏和宋氏志賀菌占優勢,某些地區仍有痢疾志賀菌的流行。
志賀菌進入機體以后是否發病,跟細菌的數量、致病力以及人體的抵抗力有很大關系。痢疾志賀菌的毒力最強,可引起嚴重的癥狀。宋氏志賀菌感染癥狀表現不典型。福氏志賀菌感染容易轉變為慢性。一般情況下有過度勞累、暴飲暴食等誘因,導致人體的抵抗力下降,有利于志賀菌的入侵。志賀菌的侵入腸黏膜上皮細胞和固有層后,引起炎癥反應和小血管循環障礙,會導致腸黏膜炎癥、壞死及潰瘍。