一,器官特異性自身免疫系統疾病,器官的病理損害和功障礙僅限于抗體或致敏的淋巴細胞所針對的某一器官,主要是慢性淋巴結細胞性的甲狀腺炎、甲狀腺功能亢進、胰島素依賴型的糖尿病、重癥肌無力,潰瘍性的腸炎等。
二,系統性的自身免疫系統病,系統性的紅斑狼瘡,該病多見于育齡期女性,可以囊括所有的結締組織病的臨床特點,表現為多器官系統受損可有發熱、面部紅斑、關節痛、脫發、口腔潰瘍等可累及腎臟血液系統心血管及神經系統。類風濕性關節炎也是所有免疫系統疾病。
三,系統性的血管炎,包括一系列血管性慢性炎癥反應所致的血管壁受損為特征的病變,較常見的是結節性的多動脈炎,似皮肌炎。