腱鞘囊腫一般有一少部分可以自行消退,但也有一部分患者經多種方法治療仍反復發作。治療上包括非手術治療和手術治療。非手術治療雖然復發率較高,但此方法創傷相對要小易于被患者接受。臨床上可作為首選的方法比如通過擠壓使腱鞘囊腫破裂逐漸自行吸收,但是治療后復發的幾率要大得多。
與關節腔相通的不容易破裂,可以采用穿刺法抽出囊液然后加壓按揉或將囊液抽出后注入糖皮質激素或者是透明質酸,局部加壓包扎兩天也一樣有一定的效果。其它方法治療無效的時候可以手術切除腱鞘囊腫,術后同樣應該避免患病部位,也就是相應的關節劇烈的反復活動,以防止再次復發的出現。