沙眼衣原體感染引起的泌尿生殖道部位炎癥為主要表現的性傳播疾病,女性感染是主要發生宮頸炎和尿道炎,70%到90%的婦女宮頸沙眼衣原體感染可以無癥狀,可持續數月至數年。有癥狀發生時可出現陰道分泌物異常,非月經期或性交后出血,陰道炎的癥狀有排尿困難,尿頻、尿急等。
衣原體宮頸感染如果不治療可向上發展成盆腔炎,現有下腹痛,性交痛等等。長期持續的感染可導致不育,宮外孕和慢性的下腹痛,孕婦的生殖道沙眼衣原體感染,可增加早產,低出生體重和胎膜早破的危險,如果未經有效的治療可傳染新生兒引起新生兒的咽炎以及肺炎。