目前對于這種疾病的病因沒有完全的闡明,而且各國之間差異非常的大,每個國家對于這種肥厚型心肌病的類型差異也是比較大,目前考慮肥厚性心肌病是一種原發性心肌病,是在胎兒發育的過程中就已經形成,主要是對兒茶酚胺反應過敏,導致心肌細胞的變性出現這種不對稱性的肥厚,基底部的肥厚或者心尖部的肥厚。
目前好多研究已經證實,對肥厚性心肌病屬于是常染色體顯性遺傳,也有隱性遺傳的情況存在,但具體的發病機制目前沒有完全的闡明,主要考慮可能跟兒茶酚胺以及遺產因素,導致長期心肌受刺激就會出現心肌的肥厚,往往有家族史,所以通過家族史也能夠證明應該是跟遺傳是有關系。