小兒假膜性腸炎是由兩種菌群產生毒素所導致的,難辨梭狀芽孢桿菌與抗生素相關的假膜性腸炎的重發原因,首先從嬰兒的糞便中分離出來的嚴格厭氧的革蘭性桿菌,這種細菌是體內常駐細菌,存在于正常人的腸道中,在未接受抗生素治療的患者中,男變性索狀芽孢桿菌數量僅在厭氧菌的2%到3%,細菌產生的毒素少,甚至不產生對人體致命的毒素。
還有就是凝固酶陽性的溶血性耐藥金黃色葡萄球菌,當使用大量廣譜抗生素后,比如土霉素、氯霉素、四環素、先鋒霉素等,抑抑制了腸道內包括大腸桿菌在內的各種菌群,耐藥要的黃金色葡萄菌,大量繁殖生產主外毒素,導致假膜性腸炎的發生。