潰瘍性結腸炎性關節炎的病因目前還不很明確,有以下幾種學說,一有細菌病毒真菌原蟲等感染的學說,二就是淋巴管阻塞和淋巴細胞聚集的學說,三有炎癥循環障礙學說等等。這些都是很難有定論,但是目前已經肯定的是,患有該病的人其HLA-B27大多都是陽性的,這說明遺傳素質是本病的致病因素。
近年從病理形態學的多樣性,疾病的慢性炎癥的特性,肉芽腫的存在,多系統損傷,比如關節炎皮膚損害以及免疫抑制治療有效等方面,來考慮免疫調節機制障礙,也就是致病的重要原因。
當然免疫因素現在有很多的重要的發現,比如病人在血清中存在非特異性的抗結腸抗體,現在已經鑒定有抗大腸桿菌的多糖成分的抗體,在潰瘍結腸炎病變組織中可以分離出可與IgG結合的40kD器官特異性蛋白,這個就是支持本病是自身免疫性很強的一個證據。