肺炎衣原體是可以治愈的。由于本病缺乏特異性臨床的表現,所以對于有肺炎或者上述臨床表現的患者,如果懷疑為本病可以做病原學或者免疫學檢測來進行確診。
肺炎衣原體對四環素類、紅霉素類均極為敏感,故常用四環素或者紅霉素口服,也可以用多西環素。孕婦、哺乳期婦女及兒童禁用四環素,兒童可以用克拉霉素,有較好的療效。部分病例停藥后可以復發,尤其是用紅霉素來治療。再多用西環素治療仍然是有效果的。
近些年來發現新型大環內酯類抗生素的阿奇霉素在體外藥敏試驗對肺炎衣原體呈高敏反應,進入細胞內具有高效和低胃腸道反應的優點。