對于嚴重的腎盂腎炎,全身中毒癥狀明顯的患者,需要住院靜脈輸注抗生素。經過正規的抗生素治療,若好轉,可以于熱退后,繼續用藥三天,然后口服抗生素,完成兩周的療程。
如果經治療72小時無好轉,應當按照藥物敏感實驗結果,更換抗生素,療程不少于兩周。經此治療仍有持續發熱者,應當注意腎盂腎炎的并發癥,如腎盂積膿、周膿腫、感染、中毒等癥狀。
如果治療十四天以后,通常90%可以治愈,如藥檢仍陽性,應參考藥物實驗,選用有效的抗生素,繼續治療四至六周。或者改為長程低劑量抑菌治療,即每晚睡前排尿后,服用小劑量的抗生素一次,連續使用半年。