腎盂腎炎是單側或雙側的腎臟受累,表現為局限和廣泛的腎盂腎盞粘膜充血、水腫、表面膿性分泌物,黏膜下可以有細小的膿腫,于一個或幾個腎乳頭可見大小不一,尖端指向腎乳頭,基底伸向腎皮質的楔形炎性病灶,病灶內可見不同程度的腎小管上皮細胞腫脹、壞死、脫落,腎小管中也有膿性分泌物。
腎間質水腫內有白細胞浸潤和小膿腫形成,炎癥劇烈時可以有廣泛性的出血,較大的嚴重病灶,愈合以后局部形成瘢痕。
腎小球一般沒有形態學改變。合并有尿路梗阻者炎癥范圍長,比較廣泛。當發生慢性腎盂腎炎時,腎臟體積縮小,表面不光滑,有腎盂腎盞的粘連、變形,腎乳頭瘢痕形成,腎小管萎縮及腎間質淋巴、單核細胞浸潤等慢性炎癥的表現。
整體上來說,腎盂腎炎主要是腎臟粘膜,腎小管發生的病理變化。