第二代的抗精神病藥,其中常見的有氨磺必利、阿立哌唑、阿塞那平、氯氮平、奧氮平、帕利哌酮、喹硫平、利培酮、舍吲哚、齊拉西酮等等。安全性方面沒比較明顯的缺點,有一部分小規模的病例報告和小型試驗,證實沒有關于奧氮平、利培酮或者是喹硫平相關致畸性的這種報告。
有關妊娠期使用氯氮平之后出現先天異常的個案報道,但是沒有建立它的比較明確的相關性。奧氮平和孕產婦妊娠期糖尿病的風險是增加的,導致母親和胎兒產生相關的風險。
不同于第一代抗精神病藥物導致泌乳素水平分泌升高,降低女性生育能力。有些第二代的抗精神病藥物是不會增加泌乳素分泌的。另外當從第一代藥換到第二代藥的時候,在這個時候一定要注意避孕。