容易與以下疾病相混淆:
一,先天性梅毒,因為先天性梅毒的新生兒也會出現肝脾的腫大、皮膚的瘀斑、脈絡叢視網膜炎等等,與巨細胞病毒的感染相似。
二,嬰兒肝炎,肝臟病理改變可見肝細胞水腫和類似慢性肝炎樣改變,又可引起重型肝炎改變,引起膽管炎,膽汁淤積,黃疸,而鑒別點是巨細胞病毒感染,臨床表現為多系統、多臟器的損害。
三,先天性風疹性,因為這樣的寶寶出生的時候皮膚可以出現紫紅色大小不一的斑點,常伴有肝脾的腫大、肝炎、溶血性貧血、耳聾等癥狀,與巨細胞病毒也有相似之處。但是如果寶寶同時伴有先天性心臟病、白內障,要首先考慮先天性風疹病毒感染。
同時還要與先天性弓形蟲感染相鑒別,直接影響到胎兒的發育,嚴重畸形,表現和預后與先天性巨細胞病毒感染也有相似之處,主要是依據實驗室的檢查來鑒別。