肝囊腫的發生被歸因于異位膽管,曾經有一些人在研究胎兒肝囊腫的時候發現囊腫壁上有異位的膽管組織及長方形上皮細胞內襯,這類囊腫起源于肝內迷走膽管和肝內膽管,和淋巴管的發育障礙,導致管腔內容物停滯潴留而成,它在臨床上的主要表現是由于肝囊腫的增大,壓迫胃十二指腸和結腸的時候,引起的一些胃腸道癥狀,比如餐后的飽脹,食欲減退,惡心,嘔吐;另外,當腫大的囊腫引起上腹膨脹不適的時候,可以出現隱痛和輕度的更痛,突發劇痛,或出現腹膜炎癥狀體征的時候,提示囊腫出血或者有破裂等并發癥的發生。
一般來說,肝囊腫生長緩慢,可以長期或終身沒有癥狀,而肝硬化發生的主要原因是病毒性肝炎,其次是酒精性肝炎,脂肪肝等。