運動神經元疾病的病因目前不清楚,認為是隨著年齡的增長以后,由遺傳因素以及環境因素共同作用的結果,所以說肯定是受遺傳因素的影響,但是目前也沒有證實,到底是哪一條染色體出現了問題,到底是屬于什么性質的遺傳也沒有得到證實,但是目前已經發現了有十多種,跟運動神經元疾病相關的基因突變顯然是基因遺傳有一定關系的,如果是家族的一級親屬中有運動神經元疾病,后代患這種運動神經元疾病的概率就會增加,另外考慮跟環境因素有關系的。
目前根據大量的流行病學調查,發現了許多跟運動神經元疾病發病相關的環境因素,主要是包括重金屬殺蟲劑除草劑外傷飲食以及運動尤其是農業勞動、農村生活、電擊傷、電離輻射等,都有可能會誘發運動神經元疾病,所以說目前得出來的結論是跟遺傳有關系,但沒有證實完全屬于遺傳性疾病。