除了影響對食物中營養物質的吸收以外,還消耗體內儲存的營養物質,損害某些機體組織,這是因為在腹瀉的過程中,本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體,但其體內各器官還需要照常的進行各項生理功能,如長期慢性腹瀉就會造成營養不良,使患兒身體瘦弱、抵抗力降低容易引起各種疾病,不僅影響嬰幼兒正常的生長發育還會引起并發癥。
小兒腹瀉還會造成營養不良及維生素缺乏癥,腹瀉的病程較長,如進食時間過久或長期熱量不足引起營養不良和各種維生素缺乏癥,消化不良與營養不良可互為因果成惡性循環,導致不良后果,維生素a缺乏可引起干眼癥及角膜軟化癥,維生素d缺乏引起手足抽搐癥。