結腸黑變病目前無特殊治療,停服一些瀉藥以后,癥狀可能會有所改善。多數學者認為結腸黑變病是一種良性可逆性的非炎癥性腸道黏膜病變,隨著便秘癥狀的改善和瀉藥的停止,大量脂褐素經溶酶體消化分解,結腸黑變病的色素沉著可以減輕甚至消失。
對直腸前突,直腸內套疊等一些可能引起黑變病的原因,應給予治療,如進行直腸前突修補,內套固定術等。對于已經確診為結腸黑變病的患者,要定期隨訪腸鏡,及時發現伴發的結腸息肉、腺瘤及結腸癌。早期內鏡下進行高頻電切或手術根除治療,但對無服用瀉藥時而有結腸黑變病者,治療方法尚待進一步的探討。