細菌性角膜炎病原是由于細菌感染所導致的,一般是由于接觸傳染,或者是外傷等導致的分泌物較多,是黃白色的膿性的分泌物,且出現角膜潰瘍的,通過裂隙燈下可以觀察到,細菌性角膜炎的顯著的特征,并且通過角膜刮片或者是結囊內分泌物的培養,容易確定病原,給予的治療也是抗細菌的治療。
而真菌性的角膜炎是由于真菌感染所導致,多數是由于外傷,而且是植物外傷所致,或者是由于大劑量使用激素或者抗生素,而引發的菌群失調,從而導致真菌的感染。一般的分泌物是為絲狀的,或者是沒有分泌物,可以通過裂隙燈等檢查,或者是可以通過角膜刮片,及角膜囊內的細菌培養,可以發現病原是真菌,在治療時需要全身和局部都給予抗真菌的治療。