腎盂腎炎的病因主要是微生物的感染,本病的致病菌絕大多數是革蘭氏陰性桿菌,以大腸桿菌最常見,主要的感染途徑是上行性的感染,也就是說致病菌由尿道,上行進入膀胱然后引起了膀胱炎,進而沿輸尿管向上蔓延到腎臟,導致腎盂腎炎。
正常人在尿道口內,1-2厘米的地方會存在少量的細菌,但是一般不會引起感染,因為尿道是有一定的抗菌能力的,尿液可以稀釋細菌,然后排出體外,而且尿中還有些抑菌的物質。
當機體抵抗力下降,或者是尿道黏膜輕度損傷的時候,比如說月經期,或者是性生活,再就是泌尿系統畸形,尿路流通不暢,這時候會導致細菌乘虛而入,在腎盂部分大量的繁殖從而導致腎臟治病。而且由于女性的尿道比較短而寬,然后容易被感染,而且是容易發病的情況。
少數的患者腎盂腎炎是由于血行感染引起來的。