由氯氮平所致的惡性綜合征,在臨床癥狀方面與傳統抗精神病藥物所致的大致相同。但是,氯氮平所致的惡性綜合征很少出現運動異常,磷酸激酶增高不顯著,中等程度的發燒,40%的患者沒有出現肌肉強直。提示在氯氮平治療中即使不出現肌肉強直,也可以診斷惡性綜合癥。
氯氮平治療中往往發燒在前,椎體外系副反應在后,多數患者出現磷酸激酶增高,但多是輕度。惡性綜合征可以發生在抗精神病藥物治療的任何時間,但是都是在頭兩周之內,氯氮平治療的患者出現惡性綜合征的平均時間是十一周,停藥后緩解的時間比傳統抗精神病藥要長,但是也很少出現合并癥或死亡。