從痰液、腦脊液、胸腹腔、心包等漿膜腔積液或者是來自病灶部位肺泡灌洗物、穿刺物、分泌物、壞死物中找到結核分支桿菌是重要的確診手段,因嬰幼兒不會吐痰,多將痰液咽入胃內,可以抽取晨起的胃液檢查,也可以采用高滲氯化鈉,誘導痰液,胃液及誘導痰聯合,抗酸桿菌檢出率可以提高一倍。
采用厚片或者是熒光染色檢查抗酸桿菌,高于一般的抗酸染色的陽性率,分支桿菌快速培養系統及羅氏慢培,可進一步提高結核分枝桿菌,檢出率15%以上,因為培養最快也需要兩周的時間,多用于回顧性的診斷。
痰液、腦脊液、胸腹腔等漿膜腔積液或者是病灶部位的分泌物,采用聚合酶鏈反應技術,選擇性的擴增,結核分枝桿菌特異性的DNA片段,以高度敏感性快速檢測結核分枝桿菌,幫助診斷結核病。