利用免疫酶標法在病變組織中能發現抗原抗體復合物和補體C3。半數以上患者血中可檢測到結腸抗體、循環免疫復合體(CIC)以及補體C2、C4的升高。克隆病患者出現關節痛,也與CIC沉積于局部而引起的損害有關。
組織培養時,病人的淋巴細胞具有毒性,能殺傷正常結腸上皮細胞,如切除病變腸段,細胞毒作用亦隨即消失,但結核菌素試驗反應低下,二硝基氯苯(DNCB)試驗常陰性,說明該病病人的細胞免疫功能低下。亦有認為本病屬于自身免疫性疾病。病變活動時,病人回腸內組織胺分泌增加,與肥大細胞有關,提示本病體液、細胞免疫異常很可能是病因之一。