女性腎盂腎炎經過正規足療程的治療十四天以后,90%的患者可以治愈。如果尿檢仍為陽性,應當選用敏感有效的抗生素繼續治療四至六周,絕大多數患者可以徹底治愈,極有少數的患者可以轉變為慢性腎盂腎炎或者出現腎盂積膿、腎周膿腫、感染中毒癥狀等急性并發癥。
慢性腎盂腎炎不能夠徹底根治,在某種情況,如免疫力低下、抵抗力下降時可以再次發生尿路感染,甚至出現腎功能衰竭。急性期并發癥應積極的抗感染治療和外科處理后,絕大多數可以徹底治愈,不遺留并發癥。后期再發生的尿路感染,一般與上一次的尿路感染不一樣,屬于重新感染,極有少數的患者治療不正確時可以出現腎盂腎炎的再燃和復發。