抗瘧藥的聯合應用可以作用在瘧原蟲的不同代謝環節,使蟲體受到藥物的干擾,治療推薦用氯喹和伯氨喹聯合使用。氯喹可以殺滅血液中無性體,控制瘧疾發作或復發,伯氨喹可以殺滅肝組織內瘧原蟲和配子體,起到根治的作用。
惡性瘧腦型靜脈滴注奎寧治療,仍為有效的搶救措施之一,對于耐氯喹的惡性瘧蟲株,首選咯萘啶或者甲氟喹,也可以用青蒿素或者乙胺嘧啶加磺胺多辛或奎寧。青蒿素可以控制瘧疾急性發作。
對于間日虐和三日瘧,目前氯喹和伯氨喹是首選的藥物,前者殺滅紅細胞內裂殖體,控制急性發作;后者可以殺滅肝臟內無組織型裂殖體和血中配子體,防止復發和傳播。我國首創成功的磷酸咯萘啶可用于抵抗氯喹惡性瘧和惡性瘧腦型兇險發作。