糞便標本的采取務求新鮮且不可混入尿液,應取糞便粘液或膿血部分。如無異常所見則可自糞便表面不同部位、糞便深處及糞端取材。
一般檢查取手指頭肚大糞便一塊,置于清潔不吸水的紙盒內即可;如孵化血吸蟲毛蚴,最好留全份糞便或留雞蛋大糞便一塊;如檢查膿組織阿米巴滋養體,應于排便后從膿血性或稀軟部分取材,注意保溫并立即送檢。
如作細菌培養,應將糞便采集于無菌的糞便培養管內送檢;檢查蟯蟲卵時需用透明薄膜拭子于清晨排便前自肛門周圍皺襞處拭取。如無糞便又必須檢查時,可經肛門指診或用采便管獲取糞便。灌腸后所得的糞便常因過稀及混有油滴而不適于作檢查材料。