亞急性甲狀腺炎需要與甲狀腺結節的急性出血、慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的急性發病,鄰近性、無痛性甲狀腺炎及急性化膿性甲狀腺炎相鑒別。
在多發性結節性甲狀腺腫的出血,觸到結節時不難鑒別,因為此時可以觸及甲狀腺上有無觸痛結節,而出血是單個甲狀腺結節時則鑒別較困難,上述兩種出血中病變以外的甲狀腺組織的功能仍然存在,其血沉少有明顯升高,慢性淋巴細胞性甲狀腺炎急發性急性發病,可伴有甲狀腺疼痛及觸痛,但腺體多是廣泛受侵犯,血中抗甲狀腺抗體大多升高。
患者伴有甲亢表現時,需要以慢性彌漫性甲狀腺腫鑒別,然而后者甲狀腺攝取碘率多是升高的,伴有甲亢的無痛性甲狀腺炎及有遞減的放射性,碘率病理是慢性甲狀腺炎,而無巨細胞存在時,常稱為高功能甲狀腺炎與無痛性甲狀腺炎的鑒別較困難,化驗時血沉不增快,抗甲狀腺抗體明顯升高,提示為前者急性化膿性甲狀腺炎時可見到身體其他部位有膿毒病灶,甲狀腺的鄰近組織存在明顯的感應,感染反應白細胞明顯升高,并有發熱反應。