腸阿米巴病好發部位依次為盲腸、直腸和乙狀結腸。對于阿米巴病,有的時候也會蔓延到肛周皮膚,泌尿生殖等器官。爆發型腸阿米巴病疾病集聚,全身營養狀況差,中毒癥狀顯著,可伴有高熱、寒戰、譫妄、腹痛、里急后重,大便為膿血便,有惡臭,也可呈水樣或膠水樣大便,伴嘔吐虛脫,有不同程度的脫水和電解質紊亂。
血液檢查中中性粒細胞細胞增多,易并發腸出血或腸穿孔,可變為慢性的阿米巴腸病,常為急性感染的延續,腹瀉與便秘交替出現,病程持續數月甚至數年。復發常由于飲食不當,暴飲暴食,飲酒,受寒,疲勞等,大便呈糊狀,可查到滋養體和包囊,有患者有不同程度的貧血,消瘦以及消化不良。